Hồng quân thường đã hỗ trợ cho NKVD, có là một trong những chức năng thực hiện của sự trấn áp chính trị. Chức năng chính của NKVD là để bảo vệ an ninh quốc gia của Liên Xô, được thực hiện bằng các vụ truy bắt chính trị quy mô lớn chống lại "kẻ thù giai cấp". Là một lực lượng an ninh nội bộ và đội ngũ bảo vệ nhà tù Gulag, quân nội bộ cả hai có nhiệm vụ bắt giữ những nhân vật chống Nhà nước và tham gia vào tội ác chiến tranh trong thời kỳ chiến sự quân sự trong suốt lịch sử của Liên Xô. Họ đã được cụ thể chịu trách nhiệm cho việc duy trì các chế độ chính trị trong các Gulag và tiến hành trục xuất hàng loạt và tái định cư bắt buộc. Loại thứ hai nhắm mục tiêu một số nhóm dân tộc thiểu số mà chính quyền Xô Viết coi là thù địch với chính sách của mình và có khả năng cộng tác với kẻ thù, bao gồm cả Chechnya, Crimean Tatars, và Hàn Quốc[cần dẫn nguồn].

Trong Thế chiến II, chuỗi các vụ xử bắn hàng loạt được thực hiện bởi NKVD Liên Xô đối với tù nhân ở Đông Âu, chủ yếu là Ba Lan, các nước Baltic, Romania, Ukraine và các bộ phận khác của Liên Xô, Hồng quân sau đó rút lui trước cuộc xâm lược của Đức năm 1941 (Chiến dịch Barbarossa). Tổng số người bị xử bắn là hàng chục ngàn. Có nhiều báo cáoveefe các hành vi trả thù của các lực lượng vũ trang của Liên Xô chống lại quân nhân Đức Quốc xã (Wehrmacht) và các binh sĩ không quân Đức từ đầu của chiến tranh, các tài liệu trong hàng ngàn tập tin của Cục tội phạm chiến tranh Wehrmacht, 1939-1945, một văn phòng được thành lập vào tháng 9 năm 1939 đến điều tra các hành vi vi phạm các Công ước Hague và Geneva bởi kẻ thù của Đức. Trong số các tài liệu có vụ thảm sát là những người ở Broniki (June 1941), Feodosia (tháng 12 năm 1941) và Grischino (1943).[15]

Liên Xô triển khai bom khí mù tạt trong cuộc xung đột của Liên Xô ở Tân Cương. Một số dân thường bị thiệt mạng do bom thông thường trong cuộc xung đột.[16][17]